Die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) hat die Molekularbiologie und die auf ihr basierende medizinische Diagnostik innerhalb der letzten 15 Jahre revolutioniert. Durch ihren Einsatz konnten hoch spezifische und hoch sensitive Analyseverfahren für die DNA als Träger der Erbinformation entwickelt und eingeführt werden. In der Zahnmedizin wird die PCR sowohl in der Forschung als auch in der klinischen Diagnostik angewendet. Ihr Haupteinsatzgebiet in der Praxis stellen der Nachweis und die Quantifizierung parodontaler Pathogene dar. Adjunktiv zu klinischen Parametern ermöglichen die Ergebnisse der PCR-Diagnostik Aussagen über die Effektivität der Therapie der Parodontitis marginalis. Durch die Fokussierung auf spezielle Pathogene wie z. B. Actinobacillus actinomycetemcomitans besteht die Möglichkeit, Risikopatienten für aggressive Verlaufsformen zu identifizieren. In dem Beitrag wird neben Grundlagen der PCR-Technik ein Überblick über Möglichkeiten und Grenzen PCR-basierter Diagnostik in der zahnmedizinischen Praxis gegeben. Der Einsatz der PCR in der Parodontologie, aber auch in der Kariologie und Endodontologie wird diskutiert. Des Weiteren erfolgt eine Einschätzung des Potenzials zukünftiger Entwicklungen. Schlagwörter: Polymerase-Kettenreaktion (PCR), molekularbiologische Methoden, Mikrobiologie, Prävention